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Di seguito riporto un elenco di siti di varia utilità che ritengo importanti o interessanti. I programmi (software) citati sono tutti open source o, comunque, gratuiti: è buona prassi, seppur non obbligatoria, dare un contributo anche piccolo, se richiesto.
Ovviamente l'elenco non è esaustivo e nulla vuole togliere al software commerciale.


FOTORITOCCO & ANALISI DI IMMAGINI
Gimp
Gimp è un programma di fotoritocco (e non solo), alternativo ad altri più blasonati e costosi software.


ImageJ
Con ImageJ, oltre alla manipolazione di immagini, è possibile effettuare una moltitudine di operazioni, tra cui vari tipi di misurazione, grazie alle plugin.
Nel sito sono anche riportati i collegamenti ad altri progetti, alcuni derivati.


Blender
Come recita Wikipedia Blender è un software libero, freeware e multipiattaforma di modellazione, rigging, animazione, compositing e rendering di immagini tridimensionali. Per chi volesse dedicarsi alla riproduzione grafica di funghi (o altro) ....


STATISTICA

Past
Pur essendo stato ideato come software per paleontologi, con Past è possibile effettuare anche analisi di statistica di base e altro ancora.



BIOLOGIA MOLECOLARE & FILOGENETICA

NCBI
Acronimo di National Center for Biotechnology Information: indispensabile punto di riferimento per chiunque si dedichi a studi su DNA e proteine, non solamente per analisi filogenetiche. Sono disponibili diverse banche dati sia di sequenze (Genebank) che di letteratura medica e biologica nonché informazioni di tipo biochimico e molto altro.
In particolare desidero segnalare utilità come Blast, per la ricerca di similitudini tra una sequenza e quelle presenti nelle banche dati, e Taxonomy Browser , per la ricerca di informazioni su specie e altri taxa.

 


Bioedit
Software, a mio parere, molto utile per fare una serie di analisi su sequenze di DNA e proteine. Lo uso regolarmente per lavoro, particolarmente per l'"aggiustamento" degli allineamenti di sequenze in previsione di analisi più complesse. Purtroppo, al momento (settembre 2019), il sito dell'autore non è più disponibile.



Mega
E' un programma comprensivo di molte funzioni, dagli allineamenti di sequenze, sia di DNA che di proteine, all'analisi filogenetica con la costruzione di alberi. In combinazione con Bioedit è uno strumento potente e sufficientemente intuitivo (per gli addetti ai lavori!).

 


Phylip
Sul suo sito Joseph Felsenstein, elenca, oltre ai suoi pacchetti di programmi, una serie impressionante di altri software che consentono anche indagini di una certa complessità: la visita è vivamente consigliata!



Mesquite
Mesquite is software for evolutionary biology, designed to help biologists analyze comparative data about organisms. Its emphasis is on phylogenetic analysis, but some of its modules concern population genetics, while others do non-phylogenetic multivariate analysis. Because it is modular, the analyses available depend on the modules installed.
 

VARIA UTILITA'

Libre Office
E' un pacchetto di software paragonabile a Office di Microsoft (di cui è in grado di leggere il formato): contiene, tra gli altri, un programma di scrittura, un foglio di calcolo e un programma per le presentazi

 
Wikipedia
Poco da dire perché Wikipedia è un' "enciclopedia" mondiale ormai famosissima in diverse lingue, tra cui l'Italiano; ognuna con una sua peculiarità. Verificare il contenuto anche con altre fonti.